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中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所设有多个职能办公室，各司其职，确保研究所的高效运行。
办公室负责制定和执行综合性规章制度，编制发展规划、工作计划、会议纪要，进行宣传工作，管理公文、印章，并组织各类会议。此外，他们还负责采购、固定资产登记、接待、保密和对外联络工作，以及局域网数据管理和综合档案的管理。
党委办公室专注于党的管理工作，包括政治理论学习、组织建设、党委会记录、公文管理，以及行政监察、离退休人员管理和文化建设等。
人事管理部门负责人才规划、人事规章制度的制定，中层干部的聘任和职工管理，包括工资调整、社会保险、培训计划以及法人登记等工作。
科技处则聚焦科研活动，制定年度计划，组织项目申报、实施，国际交流，科研项目监管，成果鉴定与奖励，以及科技统计和档案管理。
条件建设与财务处主要负责条件建设规划、财务管理，包括预算编制、资产保值增值、政府采购和经费监督等。
中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所，成立于1953年，研究所的前身——中国科学院地球物理研究所、华北农业科学研究所农业气象组成立。作为非营利科研机构的研究所，形成了农业气象学、农业水资源学、农业环境工程学、农业生态学四个重点优势学科，主要从事现代农业环境领域的科学发现和技术创新，重点研究人类生产活动影响下，农业生物和农用投入品与光、温、水、气等环境要素的相互作用规律与调控机制，发展农业环境安全调控和可持续农业技术。
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