防治上海青的黑斑病，首先要实施有效的田间管理策略。大面积轮作是关键，收获后要及时翻晒田地，保持田园清洁，以此减少病菌在田间的滋生。
在肥料使用上，可以采用日本酵素菌发酵的堆肥或者猪粪堆肥，这些有机肥含有拮抗菌，有助于增强上海青的抗病性和耐病性。加强田间管理，如灌溉、排水等措施，也有助于提高植物的抵抗力。
在品种选择上，优选抗病性强的品种，如秦白2号、豫上海青3号、6号（郑白4号）、小叶青上海青、蓉白4号等，这样可以降低病害的发生率。
种子消毒是防止黑斑病侵袭的初期防线，可使用50%扑海因或75%百菌清可湿性粉剂，按照0.4%的比例拌种。
一旦病害发生，应及时采取喷洒措施。推荐使用64%杀毒矾、40%百菌清、70%代森锰锌、58%甲霜灵锰锌、80%喷克、50%扑海因或其复配剂等，以1000倍液喷洒，每667平方米施药60至70升。在黑斑病和霜霉病并发时，可选用70%乙膦·锰锌、60%琥·乙膦铝或72%霜脲锰锌等，每7至10天喷洒一次，连续防治3到4次。在采收前7天，需停止施药，以避免药物残留影响产品质量。
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