化学相似性(或称为分子相似性)是指二个元素、分子或化合物在结构上的相似程度,或是在参与化学反应时效果的相似程度。若是探讨在生物上的效应及其相似程度,一般会使用化合物的生物活性(biological activity),否则会使用化合物的活性度来衡量参与化学反应时的效果。
化学相似性(或分子相似性)的概念是化学信息学中(chemoinformatics)最重要的主题之一。在化合物性质预测或设计特定性质化合物的现代研究中,化学相似性都有重要的作用。而有些药物设计研究会利用大型化学品数据库进行筛选,也和化学相似性有关。上述研究的基础是Johnson和Maggiora的相似性质定律:“相似的化合物会有相似的性质”。
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