1560年,倭寇居福建,焘擢为巡抚。长乐一战溃贼,蒲田再战破贼三十六巢,倭酋呵哈咳秃夜遁,晋右副都御史。
1561年,以平广兵判,晋左副都御史。1563年,大同、古北口告警,任山西巡抚、总督,蓟辽保定军务,屡屡出兵奏捷,升兵部右侍郎。以疏修边墙筑营城官铺,升兵部左侍郎。
1564年,任两广福建总督,平两广“巨寇”曾一本、材道乾,复杀入寇,惠州之倭酋乌七麻。官至都察院左都御使兼兵部左侍郎。
隆庆四年(公元1570年)10月,以水土致疾具疏去归。1598年卒,享年八十七岁。赠太子少保,谥“竭忠”,赐祭葬。
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