不同产地的冬虫夏草差异显著。西藏那曲虫草、西藏林芝虫草、青海虫草以及四川虫草的采挖时间、虫草体色和药用价值均有所区别。一般来说，5、6月间采集的虫草质量最佳，海拔越高，天气转暖越晚，因此冬虫夏草的采挖期也越晚。同时，海拔较高的地区，虫草质量更优。从地形来看，阳坡的虫草相对于阴坡更佳。西藏那曲虫草在产区质量最佳，特别是色度和大小方面。四川虫草在这些方面则相对较差，个头较小，颜色较黑，子座较长。西藏地区的气候差异导致虫草采挖期比其他省份推迟半月或一个月左右。那曲地区五月份虫草已经开始生长。
冬虫夏草的品质因产地海拔高度不同而有显著差异。西藏那曲是海拔最高的虫草产区，产区海拔高度约4500至6000米；其次是青海，产区海拔高度约3000至4000米；而四川和其它地区的虫草品质相对较差。色泽也各不相同，以虫草眼睛的颜色最为明显。西藏那曲所产虫草眼睛颜色为棕色，青海玉树和果洛所产虫草眼睛颜色为黄色，而川草和其他地区的虫草多为红色。
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