主要两种方法:
1. 从发酵物中分离到该抗菌肽,确定其结构(NMR, LC-MS分析);然后根据其化学结构基团特点,分析推测有哪些酶参与了生物催化合成,再根据酶的蛋白序列保守性设计兼并引物,调取基因。然后用该基因片段对目的菌进行基因中断(如果你的遗传系统已建立),如果突变株不再产该抗生素,表明该基因参与该化合物合成。然后用该基因片段作为探针对基因组文库进行筛选,获得负责该化合物合成的全部基因簇。
2. 把建基因组文库,导入和目的菌相近的宿主(如果你可以找的合适的宿主菌)。然后用指示菌对文库进行筛选。对阳性的colony(生产该目标化合物)进行测序。
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